肿瘤切除术作为一种微创治疗方法，其主要缺点是局部肺癌不适合手术，有严格的禁忌症，如：1、重要器官功能衰竭；2、中央型肺癌合并严重阻塞性肺炎；3、胸椎损伤严重，有其它生命危险；4、弥散性肺转移病灶病人；5、如果病人有心脏起搏，不要进行射频消融术。肺切除后，会有一些并发症，甚至是严重的并发症。多见的合并症是肺癌创伤较小，如手术后气胸，少量咯血不严重，有时大咯血，需行介入栓塞治疗。此外，肿瘤切除后，还可能发生肿瘤切除部位感染，部分病人还可表现出胸膜气管瘘，是一种严重的并发症。尽管切除术是一种微创治疗肺癌的好方法，但是它也有缺点。
