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环孢素是一种免疫抑制剂，它的常见不良反应有肾脏毒性、高血压、多毛、齿龈增生、胃肠功能失调、电解质紊乱以及闭经等等。并且有研究报道，长期口服环孢素可能有增加恶性肿瘤，特别是皮肤恶性肿瘤的风险，因此环孢素不适用于：
一、有慢性或者活动性感染的人群，比如结核病。
二、有恶性肿瘤，特别是恶性皮肤肿瘤病史的人群。
此外，环孢素存在一定渗透性和诱发高血压的风险，因此有严重肾功能损害的患者，以及高血压未能有效控制的患者，不建议使用环孢素。
此外，环孢素的孕期安全分级为C，因此孕妇需要在谨慎权衡利弊，仅当利大于弊的时候才推荐使用。
环孢素可出现于母乳中，所以哺乳期不建议使用环孢素。
