胃肠炎包括感染性胃肠炎和非感染性胃肠炎，病因各不相同。
1.感染性胃肠炎
主要包括细菌感染、病毒感染、寄生虫感染等，其中常见引起胃肠炎的细菌包括沙门菌、大肠埃希菌、弯曲菌、痢疾杆菌等;常见引起胃肠炎的病毒包括腺病毒、轮状病毒、诺如病毒等;常见引起胃肠炎的寄生虫包括贾第虫、阿米巴、血吸虫等。
2.非感染性胃肠炎
长时间吃粗糙或者刺激性的食物或者消化液反流、患有肠道菌群失调、自身免疫性胃炎、炎症性肠病等，可引起非感染性胃肠炎。
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