尿道炎的病因主要是病原体感染，分为淋球菌及非淋球菌。
1、淋球菌性尿道炎
通过性接触途径，淋球菌会通过女性尿道、男性前尿道等途径附着在尿道黏膜上皮细胞，使尿道黏膜发生感染引发尿道炎。另一方面，淋球菌会诱导化学毒素的产生，引发局部炎症反应。
2、非淋球菌性尿道炎
致病菌会通过阴道、肛门等途径入侵尿道黏膜上皮细胞，使其发生感染，常见的致病菌有沙眼衣原体、生殖支原体、解脲支原体、阴道毛滴虫等。
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