过敏性结膜炎的病因与遗传、接触致敏原等有关。
1、遗传
过敏性结膜炎发病具有遗传倾向，若父母一方或双方有过敏性结膜炎病史，子女的发病几率会较正常高，更容易发病。其次，过敏体质的人群在经常出现湿疹、过敏性鼻炎等疾病时，也常会合并过敏性结膜炎。
2、接触致敏原
接触致敏原是过敏性结膜炎的根本原因，不同亚型有不同的致敏原，常见的有花粉、尘螨、各种微生物蛋白质、毛发等。接触上述物质后肥大细胞脱落颗粒会释放组胺、白细胞介素等炎症介质，从而引起眼部炎症反应。
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