心包囊肿病因尚不清楚，可能与胚胎发育异常有关。
若在胚胎发育时期，两旁中胚层侧板、部分胚胎头端之间的间隙并没有完全的融合，独立存在，从而形成单独的囊腔，也就是心包囊肿，通常附着在心包外壁。
心包囊肿患者可通过开胸手术切除、胸腔镜下手术切除等方法治疗;存在严重心肺功能不全的患者或者是难以耐受手术的患者可通过穿刺抽液的方法进行治疗。
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