扁桃体结石病因及发病机制尚未明确，可能与细菌感染、年龄因素、药物因素等有关。
1、细菌感染
扁桃体周围组织产生炎症会发生纤维组织粘连或组织细胞坏死，再加上不断聚集在隐窝中的细菌、食物残渣等物质，时间久了会发生钙化，从而出现扁桃体结石。
2、年龄因素
成人扁桃体较大，表面凹凸不平容易使食物残留，当扁桃体隐窝引流不畅时，其中的食物残渣会形成结石。
3、药物因素
部分患者长期服用降压药、抗抑郁药、止痛药等会使口腔发干，不利于扁桃体隐窝引流，当食物残渣、细菌、黏液形成的结块残留在扁桃体隐窝时会形成扁桃体结石。
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