慢性疲劳综合征的出现可能是和基因有关，也可能是免疫系统问题、神经内分泌系统失调导致，具体如下:
1.基因有关
部分研究显示慢性疲劳综合征的患者体内线粒体功能、慢性炎症相关的基因会出现表达异常的情况，同时免疫调节基因、氧化应激基因可能也会导致免疫功能的异常。
2.免疫系统问题
临床研究显示慢性疲劳综合征的患者通常免疫功能受到损伤，免疫细胞、免疫因子的变化，可能会导致疾病产生，但还未完全证实。
3.神经内分泌系统失调
慢性疲劳综合征的患者下丘脑-垂体-肾上腺皮质轴、下丘脑-垂体-甲状腺轴功能的减退，也可能会导致机体处于低代谢状态，引起不适感。
