肛周脓肿多考虑是肛隐窝感染引起的。人体肛隐窝开口向上，当粪便向下移动时，肛隐窝可积粪，繁殖大量的细菌，进而引起感染，导致脓性渗出物聚集，形成脓肿。
另外，肛门直肠手术、外伤等因素，也可引起肛周脓肿。此病也可继发于结核病、克罗恩病、艾滋病等。
此外，患者长期服用激素类药物、接受放射治疗、接受化学治疗、糖尿病、白血病等，可导致抵抗力下降，从而诱发肛周脓肿。
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