肛周脓肿可以通过体格检查、实验室检查、影像学检查等来诊断，具体如下：
1、体格检查
对于坐骨直肠窝脓肿、肛周皮下脓肿等浅表脓肿，体格检查时可见肛门周围皮肤发红，伴有明显触痛的硬结。当脓肿成熟后，患处可出现波动感。而对于位置偏深的脓肿，直肠指诊时可发现肿块以及波动感。
2、实验室检查
可见C反应蛋白、中性粒细胞百分比、白细胞计数等异常升高。
3、影像学检查
患者做经直肠超声、经会阴超声，可确定脓肿的大小、位置。对于肛提肌上脓肿，影像学检查有确诊意义。
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