子宫黏膜下肌瘤的病因并不明确，可能与女性激素、遗传因素、干细胞突变等有关。
1、女性激素
子宫黏膜下肌瘤好发于育龄期，在绝经后肌瘤会萎缩或者消退，这些情况提示子宫黏膜下肌瘤的发生可能与女性激素有关，但是具体发病机制并不明确。
2、遗传因素
细胞遗传学研究表明，25%-50%子宫黏膜下肌瘤存在细胞遗传学异常，如果母亲存在子宫黏膜下肌瘤，则女儿发生该病的几率可高于其他人群。
3、干细胞突变
干细胞突变也可能会造成子宫黏膜下肌瘤。
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