角膜溃疡的病因分为感染性因素及非感染性因素等。
1、感染性因素
角膜溃疡的常见原因是致病菌感染，如金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、淋病奈瑟菌、大肠埃希菌等细菌感染。镰刀菌、白色念珠菌、曲霉菌等真菌以及水痘-带状疱疹病毒、Ⅰ型单纯疱疹病毒等病毒感染以及棘阿米巴原虫感染等。
2、非感染性因素
如自身免疫因素导致角膜胶原酶激活，造成角膜组织发生溶解，形成蚕蚀性角膜溃疡、角膜周边部溃疡等。
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