阴道囊肿的基本病因有先天性发育异常、后天性阴道损伤等，具体分析如下：
一、基本病因
1、先天性发育异常
若患者本身存在先天性发育异常，阴道在发育过程中，由于胚胎组织残留物存在于阴道内继续生长，易引起阴道囊肿。
2、后天性阴道损伤
由于分娩、宫腔镜下取环术、阴道纵膈切除术等情况，造成阴道黏膜受损，使得阴道上皮组织脱落至伤口内生长，从而引发阴道囊肿。
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