复杂性肛瘘主要是由于病原菌感染、手术创伤、免疫功能异常、骶前囊肿等原因引起的。
1.病原菌感染
患者感染病原菌后，病原菌可侵犯其肛门周围的组织，使其出现肛周脓肿的情况，脓肿破溃后，可形成瘘口，从而引发复杂性肛瘘形成。
2.手术创伤
患者治疗单纯性肛瘘时，出现手术创伤的情况，可能会在基础瘘道上形成新的通道，进一步扩大延伸后，可形成分支瘘道，进而导致其出现复杂性肛瘘的情况。
3.免疫功能异常
患者出现免疫功能异常的情况时，自身的免疫系统可攻击机体的肠道及周围的组织，使其出现周围软组织损伤的情况，患者此时也会出现复杂性肛瘘的表现。
4.骶前囊肿
患者出现骶前囊肿的情况时，囊肿可不断扩大，与肠道组织及臀部皮肤相通，进一步形成复杂性肛瘘。
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