直肠神经内分泌肿瘤病因不明，可能与遗传因素有关。
遗传因素是直肠神经内分泌肿瘤的基本病因。患者的亲属中有神经内分泌肿瘤病史时，其可能会遗传疾病的致病基因，使其直肠黏膜发生病变，从而导致其患直肠神经内分泌肿瘤的概率增加。
患者长期接触放射线、有害的化学制剂等物质时，可造成其免疫力下降，体内的抑癌基因发生改变，从而引发直肠神经内分泌肿瘤的形成。
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