森林脑炎主要是由于蜱叮咬引起的。
患者被携带森林脑炎病毒的脾叮咬后，森林脑炎病毒可从皮肤损伤的部位进入人体体内，经过皮下组织的淋巴管向全身的各个组织扩散，并不断在其体内繁殖，侵犯患者的周围神经细胞，随后侵入其中枢神经系统内，造成中枢神经系统损伤，从而形成森林脑炎。
虽然森林脑炎无特定的发病人群，但是森林脑炎疫区的森林工作者、工作环境中存在过多蜱、鼠等动物者以及未接种疫苗者等人群患病率较高。
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