脑干脑炎的病因并不明确，可能是病毒感染、炎性脱髓鞘改变等原因引起的，免疫力低下可诱发脑干脑炎。
一、基本病因
1、病毒感染
患者感染单纯疱疹病毒、肠道病毒71型后，病毒可沿着神经系统扩散，造成其中枢神经系统损伤，从而破坏其大脑皮层、脑干等脑组织，进一步引发脑干脑炎。
2、炎性脱髓鞘改变
患者发生炎性脱髓鞘改变的情况时，如果疾病长时间不治愈，可对其脑干组织产生影响，形成脑干脑炎。
二、诱发因素
免疫力低下可诱发脑干脑炎，患者的免疫力低下时，免疫系统无法抵抗病毒的入侵，进入脑内造成其脑干发生炎性病变时，可诱发脑干脑炎的形成。
