肺鼠疫主要是由于鼠疫杆菌感染引起的。
鼠疫杆菌感染是引起肺鼠疫的基本病因。患者感染鼠疫杆菌后，鼠疫杆菌可沿着淋巴管进入其淋巴结内，并不断在患者的淋巴结繁殖，经过淋巴结循环系统进入血循环，使其出现严重的毒血症，随后鼠疫杆菌可侵犯患者的肺部组织，使其出现肺鼠疫的情况。
在疫区从事狩猎工作、无防护直接接触肺鼠疫患者或接触患者的体液与组织时，易感染鼠疫杆菌，进而引发肺鼠疫的形成。
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