食管囊肿主要是由于先天发育异常、内胚层组织融合异常、前肠发育异常、腺体阻塞等原因引起的。
1.先天发育异常
患者的消化道内存在向外突出的憩室，出现发育异常的情况时，憩室则不会出现退化的情况，可逐渐增大形成囊肿。
2.内胚层组织融合异常
来自患者前肠的内胚层组织不能融合成食管腔时，易形成局灶性前肠上皮细胞，导致分泌旺盛，造成食管囊肿形成。
3.前肠发育异常
患者处于胚胎时期，前肠发育成下呼吸道、食管等器官的过程中出现异常，可形成食管囊肿。
4.腺体阻塞
患者的食管黏膜分泌过多黏稠且不易被排出的分泌物时，可造成导管阻塞，从而导致患者出现食管囊肿的情况。
