慢性腹泻根据发病机制可以分为分泌性腹泻、渗透性腹泻、炎症性腹泻等，不同类型的慢性腹泻，病因存在差别。
1、分泌性腹泻
如神经内分泌肿瘤产生的促分泌物以及其他致泻物质导致胆酸吸收不良，影响肝肠循环，过量的胆酸进入结肠会刺激结肠黏膜分泌液增多引起腹泻。其次，肠黏膜广泛病变会导致肠上皮细胞水、电解质分泌增多，也会引起腹泻。
2、渗透性腹泻
当人体摄入不能吸收的溶质，如硫酸镁、乳果糖、聚乙二醇等泻药或是摄入过多的糖分不能完全消化吸收时，会造成肠腔内渗透压升高，引起腹泻，常见于乳糖酶缺乏者。
3、炎症性腹泻
炎症性病变会导致肠黏膜的完整性受到破坏，肠壁渗出大量的炎性物质会引起腹泻。
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