肠套叠可能与肠道蠕动节律异常、病原微生物感染、肠息肉等因素有关。
1、肠道蠕动节律异常
正常情况下大肠和小肠被肠系膜固定在腹腔的后壁上，当肠道的蠕动节律发生异常，可能会使部分肠管套入邻近肠道的管腔，诱发疾病。
2、病原微生物感染
如果平时饮食不当，细菌或者病毒等病原微生物感染肠道，也可能增加肠套叠发生的几率。
3、肠息肉
如果肠道内存在息肉，息肉体积较大时可能会挤压肠管，使部分肠管套入邻近肠管腔，最终引起疾病。
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