神经母细胞瘤病因并不明确，可能与基因突变有关。
一般情况下，随着胎儿的发育，成神经细胞会发育变为神经细胞，但是少部分新生儿出生后体内会存在少量未成熟的成神经细胞，若基因发生突变，则会导致成神经细胞无法成熟，并且会不断生长分裂，形成神经母细胞瘤。
其次，经过临床研究表明，存在TP53、NRAS、BRCA2等基因特定变异的人群，发生神经母细胞瘤的几率会高于其他人群。
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