心肌致密化不全的病因尚未完全明确，考虑与遗传、基因突变、染色体异常等因素有关，具体如下：
1、遗传
研究表明，心肌致密化不全可通过多种遗传方式遗传给子女，主要为常染色体显性遗传。父母双方中有一方心肌致密化不全，孩子患病的几率较一般人群要高。
2、基因突变
孕期接触放射线、孕期感染等因素，可引起基因突变，会影响心肌正常发育，进而造成心肌致密化不全。
3、染色体异常
胎儿染色体异常，胚胎形成过程中心肌致密化过程停止，也会引起心肌致密化不全。
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