临床上并没有有效预防胃肠道间质瘤的方法，通过定期体检、改善工作环境、做好防护措施等可以早期治疗或降低疾病的患病率。
1.定期体检
人体的亲属患有NF1、Carney-Stratakis综合征等遗传性疾病时，应该定期体检，进行胃肠镜检查，有助于早期发现和治疗胃肠病变。
2.改善工作环境
人体还应该改善工作环境，避免长期处于含核辐射的环境中，避免胃肠间质细胞损伤，降低胃肠道间质瘤的患病率。
3.做好防护措施
人体处于放射线的环境中时，应该做好防护措施，穿铅衣，阻隔放射线的照射，从而预防胃肠道间质瘤的发生。
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