隐匿阴茎可以通过体格检查、血液性激素测定、染色体检测等方式诊断，具体如下：
1、体格检查
医生可对患者进行体格检查，如果阴茎外观短小，显露不良，并且用手向后推挤阴茎根部的皮肤，可见发育正常的阴茎体，但是松开后阴茎体回缩，则可以初步诊断为隐匿阴茎。
2、血液性激素测定
通过检测血清睾酮、泌乳素、雌二醇等水平，判断有无生殖器官功能以及内分泌功能异常的情况。
3、染色体检测
患者做染色体检测，可以与小阴茎、阴茎发育不良等相鉴别。
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