阴茎畸形的诊断方法有体格检查、实验室检查等。
一、体格检查
患者进行体格检查时，医生可以通过观察阴茎的观察、测量阴茎的长度等方法，判断其阴茎发育是否正常，对疾病作出初步诊断，明确疾病的类型。
二、实验室检查
1、尿常规检查
患者进行尿常规检查时，能够根据其尿液中白细胞和中性粒细胞计数，判断其是否存在尿路感染的情况，有助于明确病因。
2、性腺激素检查
患者进行性腺激素检查时，可以了解其血液中各类激素的分泌情况，明确阴茎畸形是否与雄激素分泌不足有关。
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