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小孩腹泻的病因一般分为感染性和非感染性，感染性导致的腹泻又分为肠道内感染和肠道外感染。肠道内感染一般可以由病毒、细菌、真菌、寄生虫等感染引起。通常在寒冷季节，比如秋冬季，婴幼儿腹泻大多数是由病毒感染引起的，最常见的病毒为轮状病毒、轻状病毒、诺如病毒。轮状病毒一般多见于六个月到两岁的孩子，诺如病毒一般多见于成人和年长儿。
在炎热的季节，比如夏季，由于食物容易腐败，更容易出现细菌感染引起的腹泻。常见大肠杆菌、空肠弯曲菌、叶尔森氏菌，甚至还会出现细菌性痢疾。除肠道内感染以外，肠道外感染也可以引起腹泻。比如中耳炎、肺炎、泌尿系感染或者出现急性传染病时，由于发热、感染源释放毒素以及抗生素治疗，也可以导致腹泻。
