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如果患儿出现水样便腹泻，大便中没有脓血，大便送检时也没有白细胞或只有少量白细胞，需要注意和生理性腹泻鉴别。生理性腹泻一般多见于生后六个月婴儿，生后不久会出现腹泻症状，除大便次数增多以外，没有任何其他症状。添加辅食后，大便会逐渐转变为正常。
出现脓血便时要与坏死性小肠结肠炎相鉴别。坏死性小肠结肠炎表现为红色的糊状便，逐步会出现典型的红豆汤样大便，主要是血便的表现。除血便以外，全身感染中毒症状比较严重，会出现高热、明显腹胀、频繁呕吐、精神较差、腹痛、休克等症状。做腹部X光片检查时，可以看到腹部胀气明显，肠管明显扩张、肠壁积气。
除此以外，还需要与婴幼儿过敏性直肠结肠炎进行鉴别。过敏性直肠结肠炎主要时由于因为婴幼儿摄入易过敏的蛋白引起的，预后较好，表现为大便带血丝、轻度腹泻。
