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儿腹泻的诊断一般是根据患儿腹泻的病程、大便性状、大便化验检查结果、发病季节、发病年龄以及流行情况进行诊断。比如急性水样便腹泻，大多数是轮状病毒肠炎或者产毒素性细菌感染引起的。六个月到两岁的婴幼儿发生在秋冬季节，一般是轮状病毒肠炎引起的。发生在夏季，一般是产肠毒素的大肠杆菌感染的可能性最大。
患儿如果出现黏脓便或脓血便，尤其在夏季发病，则考虑是细菌性痢疾引起的。轻型性细菌包括大肠杆菌、空肠弯曲菌、沙门氏菌肠炎。
腹泻在临床诊断中包括病程，病程在两周以内的属于急性腹泻病，病程在两周到两个月的是迁延性腹泻病，病程在两个月以上的属于慢性腹泻病。另外腹泻在诊断过程中，必须确定患儿是否存在脱水、酸中毒、电解质紊乱。
