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小儿腹泻时治疗时，最好针对病因合理用药，常见的药物为口服补液盐、肠黏膜保护剂、微生态制剂，必要时也可以使用抗生素。
肠黏膜保护剂常用的为蒙脱石散。蒙脱石散是高效的消化道黏膜保护剂，同时还可以改善肠道的吸收和分泌功能，能够有效阻止病原菌、病原微生物的攻击，促进恢复肠道生态平衡。但是腹泻停止以后，一定要及时停药，避免出现便秘现象。
微生态制剂是益生菌，能够调节肠道正常的生态平衡，抑制致病菌侵袭，恢复肠道的微生态环境，从而治疗腹泻。
小儿腹泻时必要时可以使用抗生素。70%左右的患儿是轮状病毒或者产毒素的细菌引起的，此类患儿不需要使用抗生素治疗。抗生素只适用于粘液脓血便的患儿，占腹泻的30%。
