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临床症状主要是腹痛，这是最主要的表现。腹痛的产生是由于肠道炎症的刺激，还有时间长以后造成结肠或者小肠的通过障碍，肠腔变细以后大便通过的时候不通畅，所以会造成腹痛。
另外，可以在腹部摸到包块等。还有如果发生在小肠，尤其是比较长的一段小肠，或者小肠的多部位病变，就可以影响到消化吸收的功能，会造成严重的营养障碍。所以克罗恩病的人，看上去营养很差，一般身体比较消瘦，甚至有贫血、低蛋白血症的情况。当然也有腹泻，也可以出现粘液脓血便。
另外，容易有肛瘘的情况，因为它是从肠胃病穿凿出去的病变，所以容易发生肛门直肠周围，一旦穿透以后，就会从里边感染，造成各种脓肿，破溃以后形成各种非常复杂的瘘管。在小肠和小肠之间，或者小肠跟结肠之间，或者小肠和膀胱之间等，也会造成异常的管道，形成内瘘的情况。
