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克罗恩病的治疗是内科治疗，这是最主要的治疗方法。内科治疗是靠药物，包括氨基水杨酸类的药物，还有激素类的药物，还有免疫制剂，这是常用的治疗方法。除此之外，对于严重的克罗恩病，要进行营养知识治疗。
原来认为营养支持只是支持疗法，现在发现它对克罗恩病有很好的治疗作用，可以放置肠内营养的管道，给患者用一些肠内营养制剂，严重时也可以做肠外营养。肠外营养不能长期应用，长期应用肠外营养会造成肠黏膜的萎缩。现在用肠内营养的制剂，能改善患者体质的情况，另外对克罗恩病也有比较好的治疗作用。还有中医中药的治疗，中医中药在也有比较好的治疗效果。
很多情况下可能需要由于各种并发症，需要采用手术治疗，比如合并有肛门直肠周围的脓肿，如果脓肿不及时进行手术，脓肿会串到其他的地方，因为肛门直肠周围有各种的疏松组织的间隙。有时候会串到一周，造成严重的感染。
形成各种瘘管，可以做瘘管的挂线，对小肠的梗阻、严重的出血或者穿孔，需要做手术治疗。如果狭窄比较严重，可以做肠段的切除吻合。如果很严重，可以将肠管切开以后，做纵切横缝，缓解狭窄的问题，使大便能够比较正常的通过，但是最终的治疗手段不能靠外科治疗。因为这种疾病从口腔到肛门，有可能这边切完之后，可能在其他地方接着会犯病，所以最终不能指望手术来彻底治愈。
