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鼻咽癌的病因实际上比较复杂，目前研究比较清楚的有方面因素：
第一、基因方面的因素，鼻咽癌在广东、广西、福建等华南地区的人里面非常高发，而中国北方，尤其是西北、华北地区鼻咽癌非常少见，所以主要和人的基因有关。
第二、EB病毒感染，EB病毒是一种微生物容易在人体内传播。EB病毒感染人类以后，大部分人只是出现感冒或是其它的轻微症状，但是如果基因有改变的华南地区人群，容易因为病毒感染诱发鼻咽癌，所以EB病毒感染也是诱发鼻咽癌的因素。
第三、经常吃咸菜、咸鱼、酸菜、腊肠等腌制食品，也是容易致癌的因素，还有抽烟、喝酒等因素。
