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脑起搏器手术是微创安全的手术，因为面对的手术人群多数在60岁以上，甚至于最大的病人可以到80岁，病人相对年龄大，身体状况一般，所以手术首先要保证安全，从手术风险来看，主要的风险还是来自于穿刺出血的问题，发生的几率很低，基本上有症状的出血是在5‰以内的。
其它的严重的并发症并不太多，包括有个别的病人可能会出现癫痫的问题。当然，这也是一过性的，很少见到持续的情况，而且对于患者术后的疗效影响也很小。
脑起搏器手术的时候毕竟是植入了一套不是来自于人体的异物，可能会有排异或者排斥反应，可能会增加皮肤感染，甚至于设备露出的风险。但是在实践当中，以医院为例，从2013年以后，医院手术的病人就再没有出现过一例感染的情况。
而且从文献上来看也是，这几年的文献和10年甚至15年前相比，硬件方面的并发症都明显的减少，可能和手术经验的增加、手术细节的控制，比原来做得更好是有一定关系的。从远期来看，长时间的刺激实际上也还是比较安全的，病人出现长期并发症的风险很小。
