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对于儿童这个特殊群体，正处于生长发育阶段，肝肾功能发育还不成熟，代谢的功能不健全，许多抗菌药物要通过肝脏代谢，通过肾脏排泄，因此儿童特别容易被部分抗菌药物的毒副作用所伤害，滥用抗菌药物很容易破坏儿童体内的正常菌群，降低机体的抵抗力，导致再次感染。
儿童不宜使用的抗菌药物，如四环素、多西环素、土霉素，8岁以下儿童禁用。
二，喹诺酮类，如环丙沙星、诺氟沙星，一般18岁以下禁用。此类药物可以使儿童影响骨骼发育，不仅影响身高，还会引起负重关节的损伤。
第三，氨基糖甙类，如庆大霉素、阿米卡星、链霉素，儿童要慎用，此类抗菌药物对儿童的不良反应主要是耳毒性和肾毒性。
