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胃肠功能紊乱的治疗分为现代医学治疗与中医治疗两大方式。
从现代医学角度，临床常用调节肠道菌群的药物进行调理，例如双歧杆菌等制剂。同时采取对症治疗原则，针对胃部不适、胃痛等症状，使用止痛、抑酸类药物缓解病症。
从中医角度，胃肠功能紊乱在临床分为多种证型，其中最为常见的是脾胃气虚型。针对该证型，治疗以补脾养胃为核心原则，可遵医嘱选用香砂养胃等中药方剂，从根源补益脾胃，针对大便次数增多等脾虚症状，通过补脾方剂对症调补脾胃功能。
胃肠功能紊乱的治疗不能仅依靠药物，还需结合致病根源针对性调理。本病主要诱因分为两类，一是饮食不节，过食生冷、油腻食物，存在暴饮暴食等不良饮食习惯；二是生活作息紊乱、工作压力大、情绪紧张焦虑。想要有效治疗和预防本病，需从这两大诱因入手改善。
首先需保持规律的生活作息、按时起居，调节心态、避免焦虑，不良情绪会严重影响胃肠功能，加重病情。其次要规范饮食习惯，三餐定时定量，杜绝过食生冷、油腻食物。尤其当下部分年轻人存在聚餐饮酒、暴饮暴食等不良习惯，均需要及时纠正。
综合药物治疗、规律作息、合理饮食多方面调理，才能有效治疗、预防胃肠功能紊乱，临床也可搭配参苓白术类方剂辅助调理。
