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先天性心脏病发生和遗传因素、母体因素、环境因素都有关。部分先天性心脏病会遗传,遗传因素有单基因遗传病,比如Holt-Oram综合征,与TBX5基因突变缺失有关,威廉姆斯综合征和Elastin基因缺陷相关。马方综合征和Fibrillin基因缺陷相关。遗传因素可以表现为染色体畸变,比如21-三体综合征又称唐氏综合征,可以表现为存在先天性心脏病,18-三体综合征也可以存在先天性心脏病。
大多数先天性心脏病是多基因遗传缺陷。母体因素主要表现为母体感染以及接触有害物质和疾病,在妊娠早期,母体如果接触风疹病毒、柯萨奇病毒、流行性感冒、流行性腮腺炎,有可能使后代患上先天性心脏病。
母体如果存在代谢性疾病,比如糖尿病、高钙血症、苯丙酮尿症,同样也有发生先天性心脏病的可能性。所以围产期预防保健特别重要,部分家长提前打好风疹疫苗做好优生优育工作。