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子宫内膜异位症能自然怀孕。虽然有一部分子宫内膜异位症会影响到患者日后怀孕的几率，但是并不能说子宫内膜异位症等于不怀孕。
如果患者确诊为卵巢型子宫内膜异位症，此种情况一般不会影响患者怀孕，而且此时怀孕还是治疗内膜异位症最好的方式。
但是，由于子宫内膜异位症会影响卵巢功能，引起黄素化，同时也会导致输卵管畸形、变形，进而发生腺肌病，影响子宫内膜容受性，导致部分患者怀孕受到影响，甚至流产。
所以，如果内膜异位到肌层导致腺肌病，病灶大于3、4cm，通常建议此类患者先做消融治疗，之后再做试管婴儿，以此来提高成功率。
