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骨质疏松症病因分为原发和继发，原发性骨质疏松主要病因是先天性骨质疏松，老年人骨质疏松以及绝经后雌激素水平降低。
继发性骨质疏松病因主要是内分泌性疾病，比如糖尿病、甲状旁腺功能亢进、库欣综合征、甲状腺功能亢进。也可能是结缔组织病，包括系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、干燥综合征、皮肌炎。还有多种慢性肾脏疾病导致肾性骨营养不良，胃肠疾病和营养性疾病也会导致骨质疏松发生。
继发性骨质疏松还有一类是血液系统疾病，比如白血病、淋巴瘤、多发性骨髓瘤和骨髓异常增殖综合征。
神经肌肉系统疾病也会导致继发性骨质疏松，包括偏瘫、截瘫、运动功能障碍、肌营养不良和肌强直综合症，长期卧床患者，也会导致继发性骨质疏松。还有药物使用，经常使用糖皮质激素、抗癌药物，都会引起骨质疏松症发生。
