苯丙酮尿症的主要临床表现包括神经系统症状、生长发育异常、皮肤毛发异常、尿液及汗液异味、其他系统表现。
一、神经系统症状：苯丙氨酸及其酮酸蓄积干扰脑代谢，患儿出生后数月内即可出现智力发育迟缓，表现为认知能力下降、语言发育障碍（如语言表达滞后、词汇量少）、运动功能异常（如肢体协调性差、步态不稳）。未经治疗者智商（IQ）多低于50，且随年龄增长逐渐加重，可出现癫痫发作（多为婴幼儿期首次发作），脑电图检查可见异常放电，部分患儿伴随脑萎缩等影像学改变。
二、生长发育异常：苯丙氨酸及其代谢产物抑制细胞增殖与蛋白质合成，导致患儿体格与智力发育均落后于同龄人。出生后6个月内，身高、体重增长速率显著减慢，肌肉力量不足，运动发育延迟（如翻身、坐立、独立行走时间均晚于正常儿童）。学龄期后，若未控制血苯丙氨酸水平，可出现青春期发育延迟，骨龄落后，成年后身材矮小，且可能伴随脊柱侧弯等骨骼发育问题。
三、皮肤毛发异常：苯丙氨酸竞争性抑制酪氨酸羟化酶，影响黑色素合成，患儿皮肤色素减退，表现为皮肤白皙、头发枯黄（尤其黑发患儿更明显），部分患者面部、颈部等暴露部位皮肤干燥，易出现湿疹样皮疹。若合并皮肤感染，可能加重皮肤炎症反应。
四、尿液及汗液异味：苯丙酮酸、苯乙酸等代谢产物经尿液排出，使尿液呈特殊“鼠尿味”或“霉味”，此为疾病特征性表现，三氯化铁试验可呈阳性。汗液中含苯丙氨酸衍生物，炎热环境下异味更明显，部分患者衣物或被褥因长期接触汗液产生类似气味残留。
五、其他系统表现：消化系统方面，婴幼儿期常见喂养困难、呕吐、腹泻，与肠道黏膜刺激及菌群代谢紊乱相关；长期高苯丙氨酸水平可导致免疫力下降，反复呼吸道感染频率增加，如支气管炎、肺炎等。女性患者若未控制血苯丙氨酸，孕期易引发胎儿神经管缺陷、先天性心脏病等；男性患者成年后可能因血苯丙氨酸蓄积影响生殖系统发育。
特殊人群需注意：新生儿期因血苯丙氨酸轻度升高，早期症状隐匿，依赖新生儿筛查确诊；低龄儿童（尤其＜1岁）神经系统症状进展快，需优先通过饮食控制（限制天然蛋白质摄入）降低血苯丙氨酸；女性患者备孕前3个月至孕期需严格维持血苯丙氨酸在安全范围（120-360μmol/L），避免对胎儿造成不可逆损伤。
