苯丙酮尿症的症状主要表现为新生儿期无明显异常，随着含苯丙氨酸食物摄入增加，通常在3~6个月出现智力发育迟缓、皮肤白皙、头发枯黄、特殊鼠尿味，部分患儿伴湿疹、呕吐、烦躁等症状，未经治疗者会逐渐加重至重度智力障碍。
新生儿期症状：多数婴儿出生时无明显异常，因新生儿筛查未普及时易被忽略，需通过早期筛查发现。
神经系统症状：智力发育迟缓是核心表现，随年龄增长逐渐明显，可出现语言发育障碍、癫痫发作，严重者无法独立生活。
皮肤毛发症状：因黑色素合成受阻，皮肤白皙、头发枯黄，易患湿疹，夏季皮肤易发红、干燥。
其他表现：尿液及汗液有特殊鼠尿味，随病情进展可能出现呕吐、腹泻、体重增长缓慢，甚至出现行为异常、多动症表现。
特殊人群注意事项：婴儿期避免含苯丙氨酸的母乳外食品，采用低苯丙氨酸配方奶粉；学龄前儿童需严格控制天然蛋白质摄入，增加淀粉类食物；青少年及成人需长期监测血苯丙氨酸浓度，避免高苯丙氨酸血症导致的智力衰退及其他并发症。
