小儿感染性心内膜炎的病因与心脏原发疾病、病原微生物感染有关，还有可能与其他诱发因素有关。
1、心脏原发疾病
大多患儿会有原发心脏病变，其中以先天性心脏病较为多见，室间隔缺损容易合并感染性心内膜炎。后天性心脏病如风湿性心脏病、二尖瓣脱垂、二尖瓣退行性变等。
2、病原微生物感染
金黄色葡萄球菌、草绿色链球菌是主要致病菌，其他已知的致病微生物也均会引起本病。当机体其他部位感染致病微生物后，致病微生物会通过血液循环到达心脏引起感染。
3、其他诱发因素
心导管检查、人工瓣膜置换术等行为都可能会诱发感染性心内膜炎。
