子宫内膜异位症的病因尚未完全明确，考虑与子宫内膜种植学说、体腔上皮化生学说、遗传等因素有关，具体如下：
1、子宫内膜种植学说
比如经血逆流，沿着输卵管进入盆腔，种植在卵巢和腹膜，并不断的生长蔓延，进而引起子宫内膜异位症。另外，手术将子宫内膜带至切口直接种植、子宫内膜通过淋巴向远处散播等，也可引起子宫内膜异位症。
2、体腔上皮化生学说
体腔上皮受到激素、慢性炎症等刺激后，可被激活，并转化为子宫内膜样组织，进而造成子宫内膜异位症。
3、遗传
此病具有一定家族聚集性，部分患者发病与遗传有关。研究表明，母亲患有子宫内膜异位症，其女儿患病几率较普通人群高。
