霉菌性食管炎可能是抵抗力下降、微生物群间拮抗失衡等原因造成的，用药不当可诱发本病。
一、基本病因
1、抵抗力下降
各种原因造成患者机体抵抗力下降时，无法抵抗病原微生物的侵犯，同时可引起机体清除致病菌的能力下降，易感染白色念珠菌，导致霉菌性食管炎发生。
2、微生物群间拮抗失衡
患者体内微生物群间的拮抗作用失衡时，可能会造成体内的菌群数量发生改变，导致致病微生物过度繁殖，引起霉菌性食管炎。
二、诱发因素
患者长期使用糖皮质激素、免疫抑制剂等药物时，可导致机体免疫力下降，易诱发霉菌性食管炎。
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