巧克力囊肿的病因有遗传因素、月经血逆流、体腔上皮化生、诱发因素等。
1、遗传因素
巧克力囊肿具有家族聚集性，考虑与多因素遗传或者多基因遗传相关。
2、月经血逆流
月经期子宫内膜剥脱后可随着月经血逆流至卵巢，并在卵巢内种植、生长、蔓延，从而形成巧克力囊肿。
3、体腔上皮化生
化生潜能较高的体腔上皮可以分化成卵巢表面上皮，受月经血、卵巢激素、慢性炎症刺激的影响，有可能会转变成子宫内膜样组织，引起巧克力囊肿。
4、诱发因素
生殖道发育异常、体内雌激素分泌水平过高、存在自身免疫性疾病等，是诱发巧克力囊肿的常见因素。
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