巧克力囊肿的诊断方法一般包括体格检查、实验室检查、影像学检查和特殊检查等。
1、体格检查
医生会用手去触摸受检者的盆腔异常区域，如果囊肿体积较大，可摸到肿块;如果囊肿发生破裂，按压腹部时，常会有疼痛不适感。
2、实验室检查
临床常用检查方式为血清CA125测定、抗子宫内膜抗体检查，如果患者属于中、重度巧克力囊肿，血清CA125水平可能会轻度升高，抗子宫内膜抗体多呈阳性结果。
3、影像学检查
超声检查是诊断巧克力囊肿较为重要的方法;核磁共振成像检查能够了解巧克力囊肿位置、大小等情况。
4、特殊检查
例如，腹腔镜检查为诊断巧克力囊肿较好的方法。
