扁平苔藓的具体病因并不是非常明确，但是临床上认为和免疫因素、遗传因素、感染因素、神经精神因素有关。
1、免疫因素
该病形成和细胞介导的免疫反应有关，少部分患者还可能继发或者伴随液体免疫反应。
2、遗传因素
该病具有遗传倾向，存在疾病家族史，其中姐妹同患的相对较多。
3、感染因素
该病可能和病毒感染有关，其中比较明确的病毒有丙型肝炎病毒，偶尔可见革兰氏阴性杆菌、白念珠菌感染现象。
4、神经精神因素
有10%左右的患者发病时有明确的精神紧张因素，有超过一半的患者可见精神紧张现象。
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