亚临床甲状腺功能减退症的发病原因有自身免疫损伤、碘过量、药物因素、其他因素等。
1、自身免疫损伤
桥本甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎等自身免疫甲状腺炎会导致甲状腺腺体无法产生充足的甲状腺素，从而引起亚临床甲状腺功能减退症。
2、碘过量
碘过量会引起具有潜在性甲状腺疾病者发生甲减，还会诱发或加重自身免疫性甲状腺炎。
3、药物因素
胺碘酮、锂制剂、白细胞介素-2等治疗心脏病的药物以及锂盐、咪唑类、硫脲类抗甲状腺的药物会干扰甲状腺激素的正常产生，引发亚临床甲状腺功能减退症。
4、其他因素
甲状腺先天性缺如或异位甲状腺、甲状腺切除术后等因素会导致甲状腺激素合成不充足，引发轻度甲减。亚急性甲状腺炎破坏甲状腺细胞后的恢复期也会引发亚临床甲状腺功能减退症。
