亚临床甲状腺功能减退症一般没有明显的临床表现。
部分患者会有轻微症状，如容易疲劳、怕冷、体重增加、便秘、反应迟钝、记忆力减退等，女性患者还会有月经不调的症状。但是以上症状特异性较差，不容易与其他疾病症状区分。部分患者还会伴有血脂异常、缺血性心脏病引起相关临床症状，如动脉粥样硬化、皮肤脂肪粒、胸痛等。
孕期女性若是发生亚临床甲状腺功能减退症，可能会影响胎儿的神经发育及智力水平。
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