上皮内瘤变病因并不明确，可能与遗传因素、疾病因素、病毒感染等原因有关。
1.遗传因素
乳腺上皮内瘤变和卵巢上皮内瘤变具有较强的家族聚集性，患者的近亲患有上述疾病时，可造成其患上皮内瘤变的概率增加。
2.疾病因素
患者发生胃食管反流的情况时，胃内容物可对其食管黏膜产生刺激，使其食管黏膜出现病变，引发食管上皮内瘤变。
3.病毒感染
人乳头瘤对皮肤和黏膜具有高度的亲嗜性，患者感染人乳头瘤病毒后，可能会出现宫颈上皮内瘤变的情况。
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